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Das Template header wird aber wesentlich wieder vorne in der global.php geladen. Variablen, die erst danach definiert werden, stehen daher nicht zur Verfügung.

header und misc wird es jetzt angezeigt, durch ändern der Position.

Aber auch wenn ich in die Portal.php die Zuweisungen einfüge,
kann ich sie nicht in portal_whosonline abrufen.

Auch hier wäre es möglich, dass du die Variable an der falschen Stelle definierst. Oder, dass die Variable später überschrieben wird.